Томаш Губочан родился 17 сентября 1985 года в Чехословакии, в городе Жилина. В местном одноименном клубе и начал карьеру, где прошел все этапы становления профессионального футболиста. В 2006-м году, вернувшись из годичной аренды в «ВиОне», стал основным игроком команды, быстро заработав славу одного из лучших защитников чемпионата Словакии. В сезоне 2006/07, во второй раз в карьере, Губочан выиграл местную Суперлигу.
11 февраля 2008 года словацкий защитник перешел в питерский «Зенит». В клубе с берегов Невы Губочан провел 6 лет, дважды выиграв Суперкубок России (2008, 2011), Суперкубок УЕФА (2008) и Кубок России в сезоне 2009/10. Также в активе Томаша две победы в чемпионате страны (2010, 2011/2012) и два попадания в список 33-х лучших футболистов чемпионата России (под №1 в 2010, и №2 – в 2012)
Первый матч в составе национальной сборной Словакии провел 11 декабря 2006 года против сборной ОАЭ. Полноценный же дебют в официальных играх состоялся 21 ноября 2007 года в отборочном поединке со сборной Сан-Марино.
Главными качествами футболиста являются его универсализм, неуступчивость и бойцовский характер. Губочан – редкий игрок, способный закрыть любую позицию в обороне.
